水冷機組在工作的時候和風冷時完全的不同，它主要是內部安裝有板式冷凝器。可以實現房間內熱量的轉換，蓋冷凝器的液體，它是應用的二級傳熱媒介，熱量最終會排到大氣。水冷卻系統機房專用空調企業都會自帶這樣的循環系統，并且配備單獨的水冷凝器。機房空調要求的是一年四季連續運行，封閉干冷器更為耗能不宜采用，通常會采用冷卻水塔的冷卻方式。     水冷式機組的機房空調在工作的時候它的特點也是非常明顯的，每個機組的冷凝期以及蒸發器都會在室內及內部制冷循環系統在機組內部完成，并且制冷效率相對風冷機組更高一些，不需要室內外連接的銅管只需要一組冷卻水管道即可。在一些大型數據中心系統里應用的是非常多的，當然它的工程量相對來講更小一些，不存在室內外距離的一種限制，可以用幾組較大的室外干冷器作為備份工作方式，占地面積也是比較小的，它的擴容比較方便，不需要在投入使用后需要擴容的時候在尋找相對應的通道。水循環管道并不需要特別厚的保溫處理，這樣就能夠節省相對應的空間。
對于這樣的效果來講，機房空調在使用的時候可以說優點是非常多的，當然它也有一定的缺點，需要設置防漏水檢測系統以及相對應的防護措施。雖然說整個工程量的減少，但是它在施工的過程中相對來講也是非比較復雜的，一定要對整個施工工藝的工程隊有所了解節能效果也是有限的，因為它需要常年的開啟，并且維護費用也是比較高的，所以嵌入進使用水冷機房空調還是比較少的。