精密空調系統水利不平衡的現象雖然不是常見的問題，但是一旦出現的話，那么會對空調的整體運行產生嚴重的影響。它不僅會增加耗能，造成空調的能源浪費，同時還會影響空調內部的組件。水力平衡系統主要是針對靜態和動態平衡兩個方面，對水力失調進行調節的方法。如果這個系統失衡后，會對空調的哪些地方造成影響呢？ 首先就是特別容易對冷熱源機組造成影響。當冷熱源機組保持一定流量的時候，才能在機組規定的閾值內讓整個設備不受損害。當水力失衡系統不平衡以后，流量如果低于閾值設定，安全裝置將會讓整個機組停止運行，出力低于室內負荷所需的功率。水量變低導致控制器無法做出及時反應，無法對整個機組的出力進行調整，管內就容易產生凍結的情況。
其次，在輸出系統中，水力失衡系統不平衡也容易對輸配系統造成影響。不平衡后，近水泵和環路阻力變小，水量會大于設計預定的流量；反之則相反。這個時候整個輸配的水量處于分配不均的狀態，在精密空調的運行制冷中，會導致室內的溫度出現不均勻的現象，溫度進而出現持續性的波動。
這兩種影響對于空調整體來說都是非常不利的，想要解決這樣的問題，可以在冷熱源機組或者多個機組間設置平衡閥，將流量進行調整，對于并聯的冷卻塔上，在出水管上設置平衡管，控制好水量。